ZŠ je štruktúrovaná ako úplná škola so všetkými ročníkmi od 1. ročníka po 9. ročník. Na 1. stupni i na 2. stupni každá trieda má svoju vlastnú triedu. Škola vo Vajnoroch má bohatú históriu. Bola postavená ako katolícka škola v roku 1867 ako jednopodlažná budova. V roku 1910 bola prestavaná, v rokoch 1918/19 pozostávala z 8 učební a 5 kabinetov. Vajnorská škola bola vždy slovenská, na čom zásluhu mali aj viacerí pedagógovia, ktorí na tejto škole učili v prvej polovici 20. storočia. Medzi najznámejšími sú Vojtech Horák (+1965), ThDr. M. Buzalka (1885 – 1961) a vdp. Ferdiš Juriga (1874 – 1950). Školské deti boli vždy súčasťou pri mimoriadnych udalostiach a návštevách vo Vajnoroch. V r. 1923 boli pri odhaľovaní pamätníka Štefánikovi vo Vajnoroch, v roku 1925 školu navštívil Scotus Viator, známy zástanca práv slovenského národa. V roku 1990 navštívil Vajnory pápež Ján Pavol II., po ktorom má dnes škola meno. Vzácnu návštevu pripomína socha Jána Pavla II. pred našou základnou školou, ktorá nesie jeho meno.
Práca školy je zameraná v duchu deklarácie GRAVISSIMUS EDUCATIONIS, t. j., že katolícka škola sleduje tie isté kultúrne a výchovné ciele ako školy štátne či súkromné, avšak pre ňu je charakteristické, že sa snaží vytvárať pre žiakov ovzdušie, ktoré je preniknuté duchom slobody a lásky podľa evanjelia. Žiakom poskytujeme možnosť tráviť voľný čas formou voľno časových aktivít, pokračujeme v humanistickej koncepcii výchovy a vzdelávania i vedenia tvorivosti žiakov. Podporujeme a rešpektujeme názory detí a ich účasť vo všetkých oblastiach, ktoré sa ich v rámci školy dotýkajú. Sprístupňujeme informácie a poradenskú službu v oblasti vzdelávania a prípravy na povolanie. Škola umožňuje všetkým žiakom získať všeobecné vzdelanie – vedomosti a zručnosti vo všetkých všeobecnovzdelávacích predmetoch pre 1.stupeň – ISCED 1 a pre 2. stupeň – ISCED 2.
Každému žiakovi dávame možnosť zažiť úspech. Škola zabezpečuje tiež podmienky na vzdelávanie žiakov so špeciálnymi výchovno-vzdelávacími potrebami tak, aby mali rovnocenný prístup vo vzdelávaní.
Výchovno-vzdelávaciu činnosť smeruje k príprave žiakov na život, ktorý od nich vyžaduje, aby boli schopní kriticky a tvorivo myslieť, rýchlo a účinne riešiť problémy. Program školy je zameraný predovšetkým na výchovu človeka, aby zodpovedal za svoju prácu i za seba, aby počúval a rešpektoval svojho blížneho, mal úctu k sebe i ostatným, bol ústretový a slušný, objektívne posudzoval svoje schopnosti.
Tiež budeme pokračovať v kvalitnej príprave žiakov v cudzích jazykoch, aby vedeli komunikatívne používať jazyk anglický a taliansky.
Radi by sme vytvárali dobré tímy v triedach, aby žiaci získali kvalitný učebný štýl a poznali svoje silné a slabé stránky.
Pedagogické stratégie sa budeme snažiť orientovať na riešenie problémových úloh a tvorbu projektov. V rámci triednických hodín budeme učiť svojich žiakov riešiť ich starosti a hľadať správne odpovede na súčasné zmeny vo svete.
Naším princípom je viesť žiakov k tvorivému mysleniu, naučiť ich tímovo pracovať, komunikovať medzi sebou, vzájomne sa rešpektovať a byť schopní celoživotne sa vzdelávať.
Naším poslaním je v kresťanskom ovzduší pomáhať školopovinným deťom rozvíjať ich nadanie, túžbu po vzdelaní, všestranný osobnostný rast a poslúžiť rodičom pri ich výchove v tomto duchu.
ZŠ je cirkevná, preto prijíma žiakov nielen z obce Vajnory – Bratislava, ale zo všetkých spádových oblastí Bratislavy a širšieho okolia. Škola sa snaží svojím vyučovacím procesom a mimoškolskou činnosťou prispôsobiť podmienkam a potrebám súčasnej doby. ZŠ navštevujú žiaci vo veku od 6 – 15 rokov.