Duchovný život v ZŠ Jána Pavla II. sa odvíja zo Štatútu katolíckych škôl a katolíckych školských zariadení Rímskokatolíckej cirkvi v Bratislavskej arcidiecéze. Duchovný život učiteľov, zamestnancov, a k nemu sú vedení predovšetkým žiaci, vychádza z dôvodu, pre ktorý katolícke školy a školské zariadenia vznikajú: prispievať k zvyšovaniu duchovnej a kultúrnej úrovni a plnšiemu rozvoju ľudskej osoby (čl. 3, 1). Je naplnením požiadavky rodičov na ich právo vychovávať deti podľa svojho svedomia (čl. 3, 3). Prakticky sa prejavuje súčinnosťou riaditeľa a správcu farnosti, ktorí sú zodpovední za duchovnú formáciužiakov a pedagógov (čl. 12, 1). Duchovný život v škole sa navonok prejavuje vyučovaním náboženstva dve hodiny týždenne, pravidelnými duchovnými obnovami (raz mesačne) a duchovnými cvičeniami (raz ročne) pre pedagógov a zamestnancov a sláveniami prikázaných sviatkov v rámci školy. K ďalším duchovným aktivitám patrí pravidelná mesačná ponuka sviatosti zmierenia pred prvým piatkom v mesiaci a prvopiatkovou sv. omšou, duchovné obnovy žiakov pred Vianocami a Veľkou nocou. Na prvej a poslednej vyučovacej hodine sa učiteľ so žiakmi pomodlí. Pondelok ráno pred vyučovaním znie v školskom rozhlase 15 min. hudba a vyučovanie sa začína krátkym príhovorom a požehnaním.

      Duchovný život v ZŠ Jána Pavla II. sa začína snahou pedagógov a zamestnancov o prácu v pravdivej a vzájomne úprimnej atmosfére. Jej vyjadrením je snaha reflektovať vnútornú čistotu i navonok. A to neustálym zveľaďovaním budovy školy, jej areálu, vnútorného prostredia a tried. Žiaci sú vedení k poriadku a čistote, telesnej a duchovnej. V príjemnej atmosfére dochádza k zlepšovaniu vzájomných vzťahov a k budovaniu dôvery a priateľstva. Tam, kde je dôvera a spolupráca rodičov, vďaka Božej milosti, môže dôjsť aj k vyriešeniu zanedbaných problémov.

        V ZŠ Jána Pavla II. sa prihlásení žiaci v spolupráci s farnosťou majú možnosť pripraviť na prvé sväté prijímanie a birmovanie. Na požiadanie rodičov je možné v súčinnosti s farnosťou dodatočné prijatie krstu alebo eucharistie pre žiaka.

       Kňaz je súčasťou pedagogického zboru a prítomný v každodennom živote školy. Ideálom autentického duchovného života je evanjeliová sloboda, t. j. život a práca vnútorne bohatých a silných osobností vo vnútornej slobode.